Արսեն Թորոսյանը վերջին ժամանակներում արժանացավ քննադատությունների։ Նրան մեղադրում են,որ անդառնալի սխալներ է թույլ տվել և դրանք են պատճառը, որ համավարակը չի նահանջում,այլ հակառակը՝ նոր թափ է հավաքում։ Թորոսյանը մշտապես նշում է,որ իրենք օգտագործում են միջազգային փորձը և նույն մեթոդներն են կիրառում։ Համավարակի հարցում սխալններ ունեցել են գրեթե բոլոր պետությունները , որովհետև համավարակը նոր մարտահրավեր է։
Թորսյանին հաճախ քննադատում են նաև իր կոլեգաները,որոնք կապ ունեն առողջապահական համակարգի հետ։ Ընդդիմությունը և քաղաքական տարբեր հայացք ունեցող ուժերը ևս դատապարտում են նրա գործունեությունը հաճախ մատնանշելով,որ Թորոսյանը դատարանից չի խուսափելու։
Առողջապահության նախարարը,իր վերջին հարցազրույցներից մեկում ընդգել է,որ եթե պարզվի,որ իր ղեկավարման մեջ կան անդառնալի,մտահոգիչ սխալներ,ապա նա պատրաստ է պատասխանատվություն կրել։ Ըստ Արսեն Թորոսյանի, մարդկանց վարքագիծը անմիջական կապ ունի վիրուսի տարածման հետ,իսկ կանխարգելման գործում իշխանությունը արել է այնինչ արել և անում են բոլոր զարգացած պետությունները։
Թորոսյանը ևս մեկ անգամ հիշեցրել է,որ իրենք երբեք,որևէ թիվ չեն թաքցրել և չեն պատրաստվում նման բան անել հետագայում։ Ազնվությունը իրենց գլխավոր նախապայմանն է։